Program Studi Pendidikan Agama Islam didirikan pada tahun 2000, yang operasionalnya dimulai tahun ajaran 2000/2001. Merupakan salah satu prodi yang ada di Fakultas Agama Islam Universitas Islam Riau, di samping prodi lain yaitu, Prodi Ekonomi Syariah, Pendidikan Islam Anak Usia Dini, Perbankan Syari’ah, dan Pendidikan Bahasa Arab.

Pada tahun 2013, Program Studi Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi dengan nilai B sesuai SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) nomor 180/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/VIII/2013. Setelah beberapa tahun kemudian atas kerjasama yang baik dari seluruh komponen yang ada di prodi dan fakultas, maka prodi PAI FAI UIR akhirnya dapat meingkatkan akreditasinya dari B ke A pada tahun 2019 dengan nomor SK 1647/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2017. Setelah masa berlaku akreditasi A habis, maka dengan semanagat bersama, Prodi PAI FAI UIR kembali menorehkan prestasi dengan meraih Akreditasi UNGGUL berdasarkan SK 423/SK/LAMDIK/Ak/S/III/2023. Masa berlaku 31 Mei 2022 sampa dengan 30 Mei 2027.

Upaya program studi membantu mahasiswa mempercepat penyelesaian studi dengan nilai (mutu) yang baik, dilakukan beberapa pelayanan yang terdiri dari; pelayanan administrasi, informasi dan bimbingan karier, konseling pribadi dan sosial, bimbingan kemampuan al-Qur’an, Kegiatan Mahasiswa Berprogram, serta meningkatkan fungsi penasehat akademis yang penetapannya dengan Surat Keputusan Dekan dan ditinjau serta di perbaharui tiap semester. Untuk menyalurkan aspirasi mahasiswa dalam berbagai gejolak yang terjadi di masyarakat, maka mahasiswa ikut mengambil kegiatan di dalam masyarakat. Di antaranya keterlibatan mahasiswa dalam melakukan pemantauan terhadap lingkungan sosial dan pendidikan melalui Kuliah Kerja Nyata (KKN). Kegiatan yang dilakukan meliputi bidang; pendidikan, dakwah, seni, olahraga, sosial kemasyarakatan dan kursus-kursus. Di samping KKN, dilksanakan pula praktek pengalaman lapangan (PPL) di sekolah-sekolah baik negeri maupun swasta mulai dari tingkat SMP/MTs, SMA/MA dan SMK.